Durante la successione degli Angioini del Regno delle due Sicilie il nome di Aquaputida mutò in Mirabella per via presumibilmente della tradizione guerriera della città (dal latino infatti MIRA(RE) BELLUM ossia “Propensa alla guerra”). Non pochi erano gli scambi commerciali e culturali con la capitale del regno (Napoli) favoriti dalla presenza del “Real cammino di Puglia” (ex via Appia) tanto che la città di Mirabella fu una delle prime nel Principato ad inalberare la bandiera della libertà nella rivoluzione Napoletana del 1799 ed dei moti liberali del 1820 come testimoniano le imprese del patriota Giuseppe Saverio Cappuccio. Nel 1862 il re Vittorio Emanuele II concesse ai cittadini di apporre al nome Mirabella il suffisso di Eclano . Undici anni più tardi fu concesso a Mirabella Eclano il titolo di città e l’autorizzazione di possedere lo stemma civico raffigurante la fenice che si solleva da tre cumuli di roghi rappresentante la capacità di Mirabella Eclano dirinascere dalle proprie ceneri in ogni epoca  e contesto storico.

Pagina oscura della sua storia è rappresentata dai numerosi terremoti che hanno devastato tutta l'Irpinia. I più disastrosi sono stati quelli del 1456, del 1688, del 1732 e del 1980.